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書籍等出版物
| 1. | 中里実ほか編『租税法概説（第4版）』
藤岡祐治 （分担執筆） 有斐閣 2021年12月 （ISBN：9784641228191） |
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| 2. | 中里実ほか編『租税法概説（第3版）』
藤岡祐治 （分担執筆） 有斐閣 2018年12月 （ISBN：9784641227569） |
| 3. | 租税法と民法
藤岡祐治 （分担執筆） 有斐閣 2018年11月 （ISBN：9784641227545） |
論文
| 1. | OECD加盟国における所得税と再分配—所得税の再分配機能 : 理論と現実
藤岡 祐治 日税研論集 / 日本税務研究センター 編 84巻129-152頁 2023年9月 
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| 2. | 租税の機能としての景気調整機能—特集 法システムとしての租税法(1)法制度の中における租税法の機能
藤岡 祐治 フィナンシャル・レビュー / 財務省財務総合政策研究所 編 2023巻2号99-122頁 2023年6月
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| 3. | 暗号資産取引に対する課税のタイミング
藤岡 祐治 税研 : 租税の総合専門誌 : Zeiken / 編集委員会 編 38巻4号104-111頁 2022年11月 |
| 4. | 車体課税とその原因者負担金的性格
藤岡 祐治 地方税 / 地方財務協会 編 73巻8号2-9頁 2022年8月 |
| 5. | 租税法学の観点から—租税法の過去・現在・未来 ; コンピュータサイエンスと税制
藤岡 祐治 租税法研究 = Japan tax law review / 租税法学会 編 50号247-258頁 2022年6月 |
| 6. | OECD加盟国における所得税改革の動向—所得税改革の国際的動向
藤岡 祐治 日税研論集 / 日本税務研究センター 編 80号139-165頁 2022年3月 |
| 7. | 移転価格とリスク・フリーの利子率
藤岡 祐治 法学 84巻2号1-28頁 2020年9月 |
| 8. | デリバティブ取引を中心とした金融取引に対する課税 (特集 社会の変化と租税制度)
藤岡 祐治 民商法雑誌 156巻1号121-144頁 2020年4月
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| 9. | 「新しい経済」と消費税 (特集 消費増税の理論的検討)
藤岡 祐治 ジュリスト = Monthly jurist 1539号42-47頁 2019年12月
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| 10. | 租税法研究会(Number 183)現金の流動性と匿名性に対する課税
藤岡 祐治 論究ジュリスト = Quarterly jurist 29号204-207頁 2019年4月
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| 11. | 為替差損益に対する課税 : 貨幣価値の変動と租税法(6・完)
藤岡 祐治 国家学会雑誌 = The journal of the Association of Political and Social Sciences 132巻1号192-131頁 2019年2月
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| 12. | 為替差損益に対する課税 : 貨幣価値の変動と租税法(5)
藤岡 祐治 国家学会雑誌 = The journal of the Association of Political and Social Sciences 131巻11号1118-1049頁 2018年12月 |
| 13. | 為替差損益に対する課税 : 貨幣価値の変動と租税法(4)
藤岡 祐治 国家学会雑誌 = The journal of the Association of Political and Social Sciences 131巻7号750-690頁 2018年8月 |
| 14. | 為替差損益に対する課税 : 貨幣価値の変動と租税法(3)
藤岡 祐治 国家学会雑誌 = The journal of the Association of Political and Social Sciences 131巻3号368-314頁 2018年4月 |
| 15. | 法人所得税における仕向地原則の採用とその実現可能性 (特集 岐路に立つ法人所得課税)
藤岡 祐治 法律時報 90巻2号15-20頁 2018年2月 |
| 16. | 為替差損益に対する課税 : 貨幣価値の変動と租税法(2)
藤岡 祐治 国家学会雑誌 = The journal of the Association of Political and Social Sciences 131巻1号162-107頁 2018年2月 |
| 17. | 為替差損益に対する課税 : 貨幣価値の変動と租税法(1)
藤岡 祐治 国家学会雑誌 = The journal of the Association of Political and Social Sciences 130巻9号790-738頁 2017年10月 |
| 18. | 限定責任信託における受託者の第三者に対する責任
藤岡 祐治 東京大学法科大学院ローレビュー = The University of Tokyo law review 7巻55-65頁 2012年9月 |
MISC
| 1. | ユニバーサルミュージック最高裁判決の検討 : 最判令和4・4・21民集76巻4号480頁
藤岡 祐治 NBL 1240号11-21頁 2023年4月
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| 2. | Yair Listokin, Law and Macroeconomics : Legal Remedies to Recessions—学界展望 財政法
藤岡 祐治 国家学会雑誌 = The journal of the Association of Political and Social Sciences / 東京大学大学院法学政治学研究科 編 135巻9・10号815-818頁 2022年10月 |
| 3. | 法学を旅する(第6回)公共政策と法学 : 農業と財源調達を例に
藤岡 祐治 法学教室 505号4-7頁 2022年10月 |
| 4. | 租税判例速報 法人税法22条2項と低額譲受けによる受贈益の計上[東京地判令和3.10.29]
藤岡 祐治 ジュリスト = Monthly jurist / 有斐閣 [編] 1572号10-11頁 2022年6月 |
| 5. | 源泉所得税納期限後の錯誤無効主張の可否（最三小判平成30・9・25）
藤岡 祐治 租税判例百選（第7版） 224-225頁 2021年6月 |
| 6. | 第二次納税義務の「徴収不足」要件（最二小判平成27・11・6）
藤岡 祐治 租税判例百選（第7版） 54-55頁 2021年6月 |
| 7. | 特定民間国外債の利子に対する非課税規定適用のための利子受領者確認書の提出と源泉徴収
藤岡 祐治 税経通信 76 (4)巻4号96-103頁 2021年4月
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| 8. | 租税判例研究(Number 574)係争中の分限免職処分に基づく退職手当に関する課税のタイミング[東京地裁平成29.1.13判決]
藤岡 祐治 ジュリスト = Monthly jurist / 有斐閣 [編] 1552号124-127頁 2020年12月
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| 9. | 第二次納税義務成立に関する徴収不足要件の意義[最高裁平成27.11.6判決] (日税研創立35周年記念出版 最新租税基本判例70('13-'18)) -- (租税手続法)
藤岡 祐治 税研 : 租税の総合専門誌 : Zeiken 35巻4号262-265頁 2019年11月
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| 10. | 租税判例速報 非居住者の税制適格ストックオプションの権利行使益に対する課税[国税不服審判所平成29.8.22裁決]
藤岡 祐治 ジュリスト = Monthly jurist 1524号10-11頁 2018年10月 |
| 11. | 200号特別対談 最近のアメリカのロー・スクールにおける租税法 : 特に所得税の教育と研究について
金子 宏, 藤岡 祐治 税研 : 租税の総合専門誌 : Zeiken 34巻2号6-13頁 2018年7月 |
| 12. | Christine Desan, Making Money : Coin, Currency, and the Coming of Capitalism (学会展望 租税法)
藤岡 祐治 国家学会雑誌 = The journal of the Association of Political and Social Sciences 130巻7号562-564頁 2017年8月 |
| 13. | 租税判例研究(Number 530)ストック・ユニットに係る経済的利益の課税のタイミングとその算定方法[東京地裁平成27.10.8判決]
藤岡 祐治 ジュリスト = Monthly jurist 1503号123-126頁 2017年3月 |
| 14. | 日本経済を考える(60)諸外国の裁判例にみる為替差損益に対する課税問題の動向
藤岡 祐治 ファイナンス : 財務省広報誌 52巻6号76-83頁 2016年9月 |
| 15. | 租税判例研究(Number 509)遺留分減殺請求と国税通則法5条2項の「相続分の指定」の意義[東京地裁平成25.10.18判決]
藤岡 祐治 ジュリスト = Monthly jurist 1481号98-101頁 2015年6月 |
| 16. | James Mirrlees, Stuart Adam, Timothy Besley, Richard Blundell, Stephen Bond, Robert Chote, Malcolm Gammie, Paul Johnson, Gareth Myles, and James Poterba, Tax by design : The Mirrlees Review—学界展望 租税法
藤岡 祐治 国家学会雑誌 = The journal of the Association of Political and Social Sciences / 東京大学大学院法学政治学研究科 編 126巻11・12号1133-1135頁 2013年12月
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| 17. | 最高裁判所民事判例研究 民集六三巻六号 二二 法人税の確定申告において、法人税法(平成一五年法律第八号による改正前のもの)六八条一項に基づき配当等に係る所得税額を控除するに当たり、計算を誤ったために控除を受けるべき金額を過少に記載したとしてされた更正の請求が法人税法六八条三項の趣旨に反するか[第二小法廷平成21.7.10判決]—Notes on Civil Cases of the Supreme Court (VoL63,No.6)
藤岡祐治 法学協会雑誌 = Journal of the Jurisprudence Association / 東京大学大学院法学政治学研究科 編 130巻9号2081-2109頁 2013年9月
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共同研究・競争的資金等の研究課題
| No. | 研究題目 | 研究種目（提供機関・制度） | 研究期間 |
|---|---|---|---|
| 1. | デジタル時代の「公共」をめぐる法と政治の相互作用に関する研究
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基盤研究(A)
（ 提供機関： 日本学術振興会 制度： 科学研究費助成事業 基盤研究(A) ） |
2022年4月 ～ 2026年3月 |
| 2. | 支払及び決済手段の多様化と租税法のあり方に関する研究
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基盤研究(C)
（ 提供機関： 日本学術振興会 制度： 科学研究費助成事業 基盤研究(C) ） |
2021年4月 ～ 2025年3月 |
| 3. | 高齢者の財産管理制度の分析と構築
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基盤研究(A)
（ 提供機関： 日本学術振興会 制度： 科学研究費助成事業 基盤研究(A) ） |
2018年4月 ～ 2022年3月 |
| 4. | 通貨の匿名性と課税に関する研究
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若手研究
（ 提供機関： 日本学術振興会 制度： 科学研究費助成事業 若手研究 ） |
2018年4月 ～ 2021年3月 |
| 5. | 租税法と通貨：為替差益に対する課税を手掛かりとした考察
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若手研究(B)
（ 提供機関： 日本学術振興会 制度： 科学研究費助成事業 若手研究(B) ） |
2015年4月 ～ 2018年3月 |
